政府考量莫拉克颱風已對各地造成嚴重災情，為防止H1N1新型流感於受災地區造成疫情，自即日起實施至8月14日止同意全國13個受災地區，包括嘉義市、嘉義縣、雲林縣、台中縣/市、彰化縣、南投縣、台南縣/市、高雄縣/市、屏東縣及台東縣等受災地區之156家流感抗病毒藥劑配置醫療院所，受災居民如出現類流感症狀，經醫師診治後，無需經快速篩檢確認即可給予流感抗病毒藥劑，以即時提供治療。而8月15日起，流感抗病毒藥劑將納入健保給付。

嘉義市流感抗病毒藥劑配置醫療院所有行政院衛生署嘉義醫院、嘉義榮民醫院、嘉義基督教醫院、天主教聖馬爾定醫院、陽明醫院、嘉義市東區衛生所、嘉義市西區衛生所，民眾如有類流感症狀，請戴上口罩並儘速至流感抗病毒藥劑配置醫療院所就醫，早期接受治療，避免延誤而併發重症，危害生命安全。

嘉義市政府衛生局呼籲民眾，颱風過後，居家衛生環境惡劣，容易引起腸道、登革熱及流感等傳染病，請民眾加強家戶及個人衛生工作，尤其勤用肥皂洗手，倘有任何不適症狀，如發燒、喉嚨痛、全身痠痛、頭痛、腹瀉等，請戴上口罩儘速就醫，早期治療，有利儘速恢復健康，嘉義市防疫諮詢專線2341150。